在海上运输的时候，山东冷藏集装箱通常是安排在藏面船中及后部，避开船舶左右舷外一列箱位的下面两层。

在甲板积载上，冷藏集装箱应该尽量装于甲板通风处，制冷机组朝向船尾特别是装于船前部的冷箱，但装于生活区后制冷机组也可朝向船首。在舱内积载上，在必要时也可以将冷箱装于舱内，但应尽量将冷箱装于底层，特别是冷冻箱，并且必须保证货舱内机械通风设备正常工作有足够的换气量，还应避免将保鲜箱装于舱内。

冷藏集装箱应装于供电插座附近，并且便于检查和有足够自由空间进行通风和修理，应避免冷箱制冷机组端对装或制冷机组端与其他箱端近距离对装，以便操作与修理。